Artikel 12, eerste lid, Habitatrichtlijn bevat onder meer twee kernverboden die in de praktijk van doorslaggevend belang zijn. In de eerste plaats het verbod op het opzettelijk verstoren van soorten, met name tijdens perioden van voortplanting, afhankelijkheid en overwintering. In de tweede plaats het verbod op de beschadiging of vernieling van voortplantings- of rustplaatsen.
Uit de richtsnoeren van de Europese Commissie inzake de strikte bescherming van diersoorten van communautair belang uit hoofde van de habitatrichtlijn volgt dat deze bepalingen niet beperkt mogen worden uitgelegd, maar moeten worden toegepast in het licht van het doel van de richtlijn, namelijk het waarborgen van een gunstige staat van instandhouding van soorten. Dit betekent dat de bescherming niet alleen ziet op fysieke aantasting, maar op alle handelingen die de functionaliteit van beschermde elementen aantasten.
Van bijzonder belang is dat het systeem van strikte bescherming een preventief karakter heeft. Lidstaten zijn verplicht maatregelen te nemen die voorkomen dat schade optreedt; het is niet vereist dat eerst een aantoonbare achteruitgang van de populatie wordt vastgesteld. Het Hof van Justitie heeft dit bevestigd door te oordelen dat de toepassing van artikel 12 niet afhankelijk is van de vraag of negatieve effecten op de staat van instandhouding reeds zijn aangetoond.
De reikwijdte van het verbod op beschadiging of vernieling van voortplantings- en rustplaatsen moet in dat licht functioneel worden begrepen. Het gaat niet uitsluitend om de fysieke structuur van een verblijfplaats, maar om het behoud van de ecologische functie daarvan. Indien een ingreep ertoe leidt dat een verblijfplaats zijn functie verliest, kan sprake zijn van een verboden aantasting, ook wanneer de plaats fysiek intact blijft.
Deze functionele benadering volgt impliciet uit de systematiek van de richtlijn en expliciet uit de verplichting om effectieve en concrete beschermingsmaatregelen te treffen die daadwerkelijk voorkomen dat voortplantings- en rustplaatsen worden aangetast. Een zuiver fysieke benadering zou deze verplichting uithollen.
Voor vleermuizen heeft dit directe consequenties. Vleermuizen zijn voor hun voortbestaan afhankelijk van een samenhangend netwerk van verblijfplaatsen en foerageergebieden. Het gebruik van verblijfplaatsen kan niet los worden gezien van de beschikbaarheid van voedsel in de directe omgeving. Wanneer een substantieel deel van het foerageergebied verdwijnt of ernstig wordt verstoord, kan dit ertoe leiden dat verblijfplaatsen feitelijk onbruikbaar worden.
In dat geval is geen sprake meer van louter indirecte effecten, maar van aantasting van de functionele integriteit van de voortplantings- of rustplaats zelf. Daarmee komt een dergelijke ingreep binnen de reikwijdte van het verbod van artikel 12, eerste lid, onder d.
Daarnaast kan een aanzienlijke verstoring van foerageergebied kwalificeren als opzettelijke verstoring in de zin van artikel 12, eerste lid, onder b, indien de negatieve gevolgen voorzienbaar zijn. Het begrip “opzettelijk” wordt in het Unierecht ruim uitgelegd en omvat ook situaties waarin de verstoring niet het doel is, maar wel een voorzienbaar gevolg van de handeling.
De vaak gehanteerde redenering dat soorten kunnen uitwijken naar andere gebieden, kan hieraan niet zonder meer afdoen. Uit de richtsnoeren volgt dat beschermingsmaatregelen gebaseerd moeten zijn op concrete en soortspecifieke omstandigheden. Zonder een onderbouwde analyse van de beschikbaarheid, geschiktheid en draagkracht van alternatieve gebieden, blijft uitwijkgedrag een onbewezen veronderstelling.
Daarmee kan het verdwijnen of fragmenteren van foerageergebied in veel gevallen niet worden aangemerkt als een neutrale ingreep. Indien de functionaliteit van verblijfplaatsen daardoor wordt aangetast of verstoring van wezenlijke betekenis optreedt, is sprake van een verboden handeling onder artikel 12.
Dit betekent dat dergelijke ingrepen in beginsel vergunningplichtig zijn, waarbij slechts onder de strikte voorwaarden van artikel 16 van de richtlijn van de verbodsbepalingen kan worden afgeweken.
Een juiste toepassing van de Habitatrichtlijn vereist derhalve dat foerageergebieden niet als externe factor worden beschouwd, maar als integraal onderdeel van de bescherming die artikel 12 beoogt te bieden. Alleen door deze functionele en juridisch consistente benadering kan worden gewaarborgd dat het systeem van strikte bescherming daadwerkelijk effectief is.